La Sierra del Toloño, situada al norte de la comarca, se engloba dentro del sistema montañosos de Sierra Cantabria. Se encuentra incluida en la Red Natura 2000, siendo declarado una Zona de Especial Conservación. La alineación montañosa con orientación preferente este-oeste y litologías calcáreas, cuenta con cumbres que oscilan altitudes de entre los 1.000 y 1.300 metros de altitud, entre los que destaca el Toloño con una cota de 1.277 metros.

El paisaje cuenta con abundantes cortados con una vegetación de matorrales (bujedos, sabinares de Juniperus phoenicea, coscojares y aulagares) a los que acompañan extensos encinares y quejigares en las laderas al pie de los cortados y extensas repoblaciones de pinos, encinas y robles.

Respecto a la fauna que habita esta área, la orografía de roquedos calizos permite la presencia de poblaciones de aves rapaces (águilas real y perdicera, búho real, buitre, alimoche, halcón peregrino) que justificaron la designación del mismo como Zona de Especial Protección para Aves (ZEPA)

La Ribera del Ebro está incluida de la Red Natura 2000 y se incluye como una Zona de Especial Conservación (ZEC) debido a su interés natural.

En esta zona el río baja más encajado dejando una menor llanura fluvial, si a esto le sumamos la intensa actividad humana en el área, por lo que la zona vegetal se limita al borde del río. Se forman bosques de galería estrechos en los que destacan notablemente los alisos además de otras especies como álamos blancos y negros, fresnos y sauces blancos.

Respecto a la fauna de la zona, encontramos peces como el barbo de Graells, el bagre, el fraile y la lamprehuela, anfibios como la ranita de San Antonio, así como los últimos reductos regionales con galápago europeo y galápago leproso. Destaca también la presencia de mamíferos como el visón europeo y la nutria, y de numerosas especies de aves acuáticas, forestales (pico menor, pájaro moscón) y coloniales (avión zapador, abejaruco), las cuales justifican su clasificación como Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA). Este espacio es idóneo para la recuperación de hábitats y especies a través de la correcta gestión de los recursos para su conservación.